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종자는 싹트는(발아) 기간이 길고 고온을 요구하므로 균일한 발아를 위해 싹 틔우기 전에 30℃내외의 미지근한 물에 10시간 정도 담가 수분을 충분하게 흡수시킨다.
파종상에 파종하는 경우에는 육묘상 바닥에 깨끗한 모래나 상토를 균일하게 깐 다음 6∼8㎝간격으로 얕은 골을 만들고 종자를 0.5∼1㎝간격으로 줄뿌림을 한다.
폿트에 파종할 경우에는 상토를 폿트용량의 80∼90%정도만 채우고 중앙에 파종한다.
고추는 생육속도가 느려 모 기르는 기간이 길고 모 기르기부터 꽃눈분화가 이루어지는데 꽃눈분화 시기는 품종 간 차이가 있으나 30∼35일경(본엽 2매∼3매 전개시)부터 분화하기 시작한다.
낮의 온도를 27∼28℃, 밤의 온도는 24∼25℃로 관리하는 등 온도, 햇빛, 수분관리를 철저히 해 생육 도모와 열매 맺음이 균형을 갖추도록 관리하는 것이 중요하다.
또한 육묘기간 중 저온피해 및 잘록병, 진딧물, 총채벌레, 바이러스, 세균성반점 등과 같은 병충해의 피해를 받지 않도록 하면서 생육부진 시 요소 0.3%나 제4종 복합비료 등을 2∼3일 간격으로 관주하여 주어야 한다.
